mriCroN提供醫(yī)學(xué)圖像分析功能，將NIfTI類型的圖像添加到軟件就可以執(zhí)行分析，可以在軟件查看CT圖像，可以在軟件查看MRI圖像，可以查看DR圖像，只要圖像是NIfTI類型就可以通過(guò)這款軟件加載，軟件也提供了一個(gè)格式轉(zhuǎn)換器，可以將其他醫(yī)學(xué)圖像快速轉(zhuǎn)換為hdr、nii類型的圖像，轉(zhuǎn)換完畢就可以加載到這款軟件分析，讓用戶可以在電腦軟件上分析病變癥狀；mriCroN界面功能很多，全部菜單界面都是英文，如果你看懂英文就可以使用這款軟件分析圖像。

軟件功能

　　1、支持格式轉(zhuǎn)換：SPM2(3D Anlyze hdr/img)、SPM5(3D NIfTI hdr/img)

　　2、支持其他工具：Render、Multislice、4D Traces、Histogram、Information

　　3、Peristimus圖形分析功能，可以在軟件分析核磁共振的數(shù)據(jù)，可以生成腦部刺激圖

　　4、支持病變數(shù)據(jù)分析功能，通過(guò)分析醫(yī)學(xué)圖像就可以自動(dòng)生成對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)內(nèi)容

　　5、MRIcron 提供了繪制大腦區(qū)域的簡(jiǎn)單工具，支持繪制線、擦除線、繪制粗線、擦除粗線

　　6、支持將DICOM轉(zhuǎn)換為SPM8 (3D NIfTI nii)、4D NIfTI hdr/img

　　7、將將圖像轉(zhuǎn)換為FSL (4D NIfTI nii)、Compressed FSL (4D NIfTI nii)

　　8、支持將分析的圖像另存為NIfTI、另存為位圖

軟件特色

　　1、使用VOI屏蔽圖像：刪除帶有VOI的區(qū)域、使用VOI保護(hù)區(qū)域

　　2、疊加比較：交叉口[VOl和疊加]、工會(huì)[VOI或覆蓋]、遮罩[VOI但不覆蓋]

　　3、統(tǒng)計(jì)數(shù)字：創(chuàng)建重疊圖像、減法圖、批次描述、批量探測(cè)圖、批量集群?jiǎn)栴}圖

　　4、轉(zhuǎn)換：ROI-> VOI、VOI->NII、NII->VOI、VOI -> Text

　　5、輕掃3D：Left、Right、Posterior、Anterior、Inferior、Superior

　　6、高級(jí)：階段到Rad/s、大腦提取、裁剪邊緣、腦面罩、創(chuàng)建SPM5掩碼、LR翻轉(zhuǎn)

　　7、其他內(nèi)容：應(yīng)用群集閾值、導(dǎo)出為RGB圖像、重新切片圖像、調(diào)整圖像，使VOI強(qiáng)度為零

使用方法

　　1、啟動(dòng)mriCroN軟件，可以加載hdr、nii類型的圖像到軟件分析

　　2、支持打開最近的、打開模板、關(guān)閉圖片、另存為NIfTI、另存為位圖

　　3、覆蓋功能，支持添加覆蓋、閉合覆蓋層、背景透明度、其他覆蓋層的透明度

　　4、畫

　　打開VOI

　　保存VOI

　　關(guān)閉VOI

　　VOI顏色

　　強(qiáng)度過(guò)濾器

　　流暢的語(yǔ)音

　　使用VOI屏蔽圖像

　　疊加比較

　　統(tǒng)計(jì)數(shù)字

　　5、視圖功能

　　顯示

　　3D平滑背景

　　3D平滑覆蓋

　　2D全部平滑

　　翻轉(zhuǎn)L/R

　　yoke

　　十字花飾

　　MNI坐標(biāo)

　　地標(biāo)

　　6、設(shè)置界面

　　圖像顯示

　　加載時(shí)重新定位圖像

　　512：最大維度[體素]

　　12：渲染線程

　　5：顯示小數(shù)位

　　單行中的所有切片

　　利息提取量

　　顯示繪圖菜單和工具

　　細(xì)筆

　　點(diǎn)擊填充圖標(biāo)時(shí)過(guò)濾所有封閉區(qū)域

　　70：厚拉伸的平板壓力，%

　　30：厚擦除的平板電腦壓力，%

　　7、格式轉(zhuǎn)換功能，可以直接將dicom圖像添加到軟件轉(zhuǎn)換為nifti格式

官方教程

　　指定設(shè)計(jì)

　　讓我們用我們將要分析的數(shù)據(jù)集來(lái)熟悉自己。

　　1、啟動(dòng) NPM 并打開設(shè)計(jì)窗口 （VLSM/設(shè)計(jì)...）。將出現(xiàn)一個(gè) speadsheet。選擇 File/Open 并查看文件 continuous.val。每行顯示 每個(gè)患者的表現(xiàn)，例如患者 1 確定了 2 個(gè)項(xiàng)目，而患者 2 檢測(cè)到 44 個(gè)項(xiàng)目。請(qǐng)注意，使用 該軟件 較高的分?jǐn)?shù)反映得更好 性能。如果您有二項(xiàng)數(shù)據(jù)（其中 performance fall into 兩個(gè)離散分類），您應(yīng)該表示存在 Deficit 替換為 0，性能正常，替換為 1。請(qǐng)注意，文件名 在左列中列出，性能在右列中列出 始終對(duì)應(yīng)于同一患者。

　　2、我們需要首先描述病變圖并命名行為 績(jī)效衡量標(biāo)準(zhǔn)。選擇 View/Design 以顯示描述 窗。

　　1.預(yù)測(cè)因子：顯示行為度量的數(shù)量 - 這里我們只檢查字母取消性能。

　　2.預(yù)測(cè)變量名稱：對(duì)于每個(gè)預(yù)測(cè)變量，插入一個(gè)易于記憶的名稱，例如，“cancel”用于我們的字母查找任務(wù)。

　　3.您可以通過(guò)以下方式選擇病變圖的文件名 按“Select Images”（選擇圖像）按鈕，從中選擇病變圖 所有參與者。您應(yīng)該同時(shí)選擇所有圖像， 并且所有圖像都應(yīng)該放在一個(gè)文件夾中（例如，您的 病變圖可能是 C：dataset1.voi、C：dataset2.voi 等）。病變 圖像可以是 MRIcron VOI、NIfTI .nii、壓縮的 NIfTI .nii.gz或 分析 （.hdr/.img） 格式。如果您確實(shí)選擇了圖像，請(qǐng)確保 文件名與患者的表現(xiàn)相匹配，如步驟 1 中所述。

　　4.您還可以設(shè)置先驗(yàn)的最小病變密度閾值。為 例如，在分析 22 個(gè)人時(shí)將值設(shè)置為 10% 意味著 將僅計(jì)算損壞超過(guò) 2 個(gè)的體素的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù) 人。此閾值的較大數(shù)字可能會(huì)增加您的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù) power，因?yàn)槟粫?huì)計(jì)算通常 受傷。但是，較大的值將無(wú)法檢測(cè)到罕見的損壞 是赤字的可靠預(yù)測(cè)指標(biāo)的區(qū)域。請(qǐng)注意，此值 基于體素中病變的總發(fā)生率，而不管 行為表現(xiàn)。

　　計(jì)算結(jié)果

　　接下來(lái)，我們計(jì)算統(tǒng)計(jì)結(jié)果。您可以進(jìn)行 一些統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，方法是在 Draw/Statistics 菜單中選擇 核磁共振。但是，這里我們描述了使用 NPM 在 MRIcron 中尚不可用 - 具體來(lái)說(shuō)，NPM 可以 執(zhí)行排列閾值和 Brunner 和 Munzel 檢驗(yàn)。自 進(jìn)行這些統(tǒng)計(jì)， 您需要下載并安裝 npm.exe - 這僅適用于 Windows作系統(tǒng)。

　　1、首先轉(zhuǎn)到 'Options' 菜單并將排列設(shè)置為 None。 排列閾值可能很有用，但至少需要 1000 比正常的 False-Discovery Rate 校正閾值長(zhǎng)的時(shí)間， 并且通常不太敏感。因此，為了讓您第一眼看到您的 data 中，請(qǐng)關(guān)閉此功能。

　　2、用于分析連續(xù)數(shù)據(jù)：

　　1.轉(zhuǎn)到“選項(xiàng)”菜單并單擊“測(cè)試” - 確保選中“Brunner Munzel”并取消選中 t 檢驗(yàn)。 我們的數(shù)據(jù)不是正態(tài)分布的，因此我們將使用非參數(shù)的 測(cè)試（使用排列的 Brunner Munzel 排名順序統(tǒng)計(jì)量）。

　　2.單擊 VLSM/BinaryImagesContinuousGroups 命令。選擇 continuous.val 文件。

　　3、對(duì)于分析二項(xiàng)式數(shù)據(jù)：

　　1.單擊 VLSM/BinaryImagesBinaryGroups 命令。選擇 binomial.val 文件。這將使用 Liebermeister 度量（一個(gè)更 比卡方檢驗(yàn)或 Fisher 精確檢驗(yàn)敏感的二項(xiàng)式檢驗(yàn)，參見 Seneta 和 Phipps，2001 年;Phipps，2003 年）。

　　4、NPM 現(xiàn)在將計(jì)算請(qǐng)求的測(cè)試。它將創(chuàng)建 所有患者的重疊圖像（例如 sum.nii.gz）和統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù) map（BM.nii.gz 表示連續(xù)數(shù)據(jù)，L.nii.gz 表示二項(xiàng)式數(shù)據(jù)）。

　　查看結(jié)果

　　我們可以打開生成的統(tǒng)計(jì)圖并放置它們 在解剖掃描之上。如果您的病變圖與 立體定向 MNI 空間，您可以在其中一個(gè)標(biāo)準(zhǔn) 模板 （File/OpenTemplates/ch2）。這是一個(gè)快速指南：

　　1、啟動(dòng) MRIcron 并選擇 File/OpenTemplates/ch2bet 作為我們的背景圖像

　　2、選擇 Overlay/Add 并選擇在上一步中創(chuàng)建的統(tǒng)計(jì)地圖（例如 C：datasetbinL.nii.gz）。

　　3、當(dāng) MRIcron 檢測(cè)到統(tǒng)計(jì)映射時(shí)，它會(huì)計(jì)算 p 值 以確定錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率 （FDR） threshold - 例如，您的數(shù)據(jù)中存在多少穩(wěn)健信號(hào)。 MRIcron 顯示 Z 分?jǐn)?shù)的直方圖。示例中的注釋 下面，大多數(shù)數(shù)據(jù)都有正 Z 分?jǐn)?shù)，表明穩(wěn)健 信號(hào)（如果我們的數(shù)據(jù)只是噪聲，我們應(yīng)該會(huì)看到一個(gè)鐘形的 均值為 0 的分布，而平均 Z 分?jǐn)?shù)約為 2）。

　　4、接下來(lái)，MRIcron 顯示疊加層。請(qǐng)注意 篩選 軟件報(bào)告 臨界值：P05/P01 值 對(duì)應(yīng)于未校正的 P<0.05 和 P<0.01 值，這些值非常 liberal （這些測(cè)試會(huì)發(fā)出許多誤報(bào)，例如，這里我們有 進(jìn)行了 16082 次測(cè)試，因此 p05 應(yīng)該會(huì)導(dǎo)致許多假陽(yáng)性）。 fwe05 和 fwe01 值對(duì)應(yīng)于 Bonferroni 校正的 值：此測(cè)試非常保守，您經(jīng)常無(wú)法 檢測(cè)真實(shí)效果。FDR05 和 FDR01 結(jié)果反映了 False 發(fā)現(xiàn)率 - 例如 FDR05 應(yīng)顯示大約 20 次實(shí)際激活 每一個(gè)誤報(bào)。請(qǐng)注意，當(dāng)信號(hào)非常少或沒有信號(hào)時(shí)， 羅斯福和邦費(fèi)羅尼一樣保守，但它能適應(yīng)實(shí)際情況 signal 的 intent 中。請(qǐng)注意，您可以選擇圖像閾值 和 cutoff 進(jìn)行疊加。請(qǐng)注意，默認(rèn)情況下， 我的軟件加載了閾值從 FDR05 到 FDR01 的統(tǒng)計(jì)圖， 除非信號(hào)不足，在這種情況下，它使用 未校正的 0.05...0.01 值。另請(qǐng)注意，當(dāng)前的疊加層是 設(shè)置為以單色紅色配色方案顯示。

　　下圖顯示了更改閾值如何更改 統(tǒng)計(jì)疊加層的外觀?？紤]原始的統(tǒng)計(jì)地圖 顯示在左側(cè)面板中，而中間面板已被閾值設(shè)置為 僅顯示 Z 分?jǐn)?shù)大于 2.5 的體素（具有三個(gè)區(qū)域） 幸存下來(lái)），右側(cè)面板顯示更保守的 閾值 Z>4.5 - 只有一個(gè)峰存活。

　　5、我們可以重復(fù)步驟 2..4 來(lái)加載多個(gè)疊加層，以進(jìn)行比較 不同的統(tǒng)計(jì)測(cè)試。例如，單擊 “tutorialfmri.bat”圖標(biāo)將啟動(dòng) MRIcron 并加載到重疊 感興趣區(qū)域。通過(guò)使用 Overlay/TransparencyOnOtherOverlays 命令，我們可以同時(shí)查看這兩個(gè)疊加層